Szesnaście lat przed wydarzeniami, na których koncentruje się seria, lis-demon o dziewięciu ogonach zaatakował wioskę Konoha. Był potężnym demonem. Pojedyncze machnięcie jednego z jego dziewięciu ogonów było w stanie stworzyć tsunami lub zniszczyć górę. Atak spowodował chaos i śmierć wielu ludzi. Sytuację opanował Czwarty Hokage, który pokonał Dziewięcioogoniastego (jap. 九尾 Kyūbi?), poświęcając swoje własne życie i oddając duszę Bogu Śmierci, aby zapieczętować demona wewnątrz nowo narodzonego dziecka – własnego syna, którym jest Naruto Uzumaki. Czwarty Hokage po zapieczętowaniu Lisiego Demona został uznany za bohatera.

Zasada ustanowiona przez Trzeciego Hokage zabroniła mieszkańcom osady opowiadać o tamtym zdarzeniu komukolwiek. Naruto dorastał w samotności, bez przyjaciół, rodziny. Szukał uznania i uwagi w jedyny sposób, jaki znał – poprzez popisywanie się i rozrabianie.

Anime utrzymuje równowagę pomiędzy dramatem, a komedią, dodając do tego mnóstwo akcji. Seria śledzi dojrzewanie i rozwijanie umiejętności Naruto i jego przyjaciół, akcentując ich wzajemne interakcje i wpływ przeszłości na ich osobowości. Naruto odnajduje przyjaciół w Sasuke Uchiha i Sakurze Haruno, dwojgu młodych ninja, którzy razem z nim zostali wybrani, by utworzyć trzyosobową drużynę pod dowództwem doświadczonego nauczyciela Kakashiego Hatake. Naruto zdobywa przyjaźń dziewięciu innych geninów z jego byłej klasy, których spotka ponownie w czasie egzaminu na chūnina. Bohaterowie rozwiną nowe umiejętności, poznają lepiej siebie i innych mieszkańców osady oraz przeżyją własne przygody.

Naruto kładzie silny nacisk na związki przyczynowo-skutkowe. Powraca temat potrzeby akceptacji, która dotyczy każdego, oraz drogiej osoby, której broniąc można stać się silnym.

Naruto ma szeroką i barwną gamę postaci, każda ze swoją dokładnie opisaną historią i złożoną osobowością, co pozwala większości z nich pojawiać się w serialu na równych prawach. Bohaterowie rosną i dojrzewają w czasie trwania serii. Akcja rozgrywa się na płaszczyźnie wielu lat. Jak przystało na wieloletnią sagę, świat Naruto wciąż się poszerza.

Uczniowie Akademii Ninja, w której rozpoczyna się historia, po ukończeniu szkoły przydzielani są do trzyosobowych drużyn i stają się geninami. Za każdą drużynę z osobna odpowiedzialny jest doświadczony sensei. Główny bohater zostaje przydzielony do drużyny nr 7 wraz z Sasuke Uchiha i Sakurą Haruno. Ich senseiem zostaje Kakashi Hatake (zwany też "Sharingan Kakashi" lub "Copy-Ninja", ze względu na skopiowanie tysięcy technik przy pomocy swojego oka – sharingana). Trzyosobowe grupy nie są ograniczone do rówieśników Naruto. Większość grup pojawiających się w historii składa się z trzech osób lub wielokrotności tej liczby. Relacje sensei-uczeń pełnią ważną rolę w serii. Naruto ma wielu mentorów, z którymi trenuje i uczy się. Są to głównie Kakashi, Iruka i Jiraiya. Wydarzenia odbywają się w otoczce tradycji i opieki łączącej wiele pokoleń. Wzorce te dostarczają młodym ludziom wiedzy nie tylko w zakresie sztuki ninja, ale też w sprawach dotyczących japońskiej estetyki czy filozofii. Techniki, ideały i mentalność są przekazywane wewnątrz rodziny. Naruto jest świadkiem pokazów umiejętności i tradycji wielopokoleniowych klanów ze swojej wioski. Pokolenie Naruto jest wyjątkowo uzdolnione.

Największe tajemnice serii to pytania o tożsamość i motywacje postaci. Historia rodziców Naruto, cele, które kierują postępowaniem Kabuto Yakushiego, tożsamość tajemniczego przywódcy Akatsuki – to tylko kilka z podstawowych pytań typu "kto i dlaczego", które pojawiają się w serii. Fabuła szczególnie skupia się na bohaterach. Temat związków przyczynowo-skutkowych jest nieustannie obecny w serii, gdy postacie poznają skutki swoich działań. Losy bohaterów są ze sobą powiązane. Duży nacisk położony jest na przyjaźń i związki jednostki ze społeczeństwem.

Imiona postaci są zapożyczone z japońskiej mitologii, folkloru i literatury (na przykład z opowieści ludowej Jiraiya Gōketsu Monogatari) lub też są starannie przemyślaną grą słów. Zazwyczaj imię ma powiązanie z historią bohatera, jego charakterem itp.